Ze overleed in 1469 en werd bijgezet in een eigen grafkelder in de Sint-Stevenskerk in Nijmegen.[1] Dankzij het geld dat zij in haar testament daarvoor beschikbaar had gesteld, werd de Stevenskerk in 1475 verheven tot kapittelkerk. Haar zoon Karel liet in 1512 recht boven haar graf een tombe plaatsen, die nog steeds te zien is op het koor voor het hoofdaltaar.
↑Hoewel de grafkelder ook bedoeld was voor haar man en kinderen, werd alleen Catharina er destijds begraven. Adolf van Gelre werd begraven in de kathedraal van Doornik. Zoon Karel werd bijgezet in een praalgraf in de Eusebiuskerk te Arnhem. En dochter Filippa werd begraven in de Église des Cordeliers in Nancy. Bijna twee eeuwen later werd wel de op 10 juni 1759 overleden hertog Lodewijk Frederik van Saksen-Hildburghausen (1710-1759) in de kelder bijgezet. Lodewijk Frederik was militair in keizerlijke dienst geweest, was later opperbevelhebber van het leger van Beieren geworden en had zijn loopbaan afgesloten als gouverneur van Nijmegen. Zie het artikel over de grafkelder van Catharina van Bourbon[dode link] op de website van Dirk-Jan Dekker, op 29 maart 2023.